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Hay varias formas en las que secuenciación genómica / genómica de muestras de cáncer de pacientes puede ser útil, incluida la predicción del riesgo de cáncer, el pronóstico y el diagnóstico del cáncer, y la identificación personalizada y precisa células cancerosas tratamiento. Hay muchas compañías que ofrecen diversas pruebas de secuenciación genética para el cáncer y será necesario identificar la prueba adecuada según el contexto específico y el tipo de cáncer. Algunas pruebas genéticas que ofrecen estas empresas están cubiertas por el seguro, pero la mayoría se basan en el pago por cuenta propia.
La exploración de reseñas, artículos, blogs, recomendaciones, etc. después de un diagnóstico de cáncer puede resultar abrumador. Hay mucha información, nueva terminología y pruebas recomendadas de las que la mayoría de nosotros no tenemos ni idea. La secuenciación tumoral, el perfil de cáncer / tumor, la secuenciación de próxima generación, los paneles dirigidos, la secuenciación del exoma completo, las características moleculares del cáncer, son toda la jerga que encontramos. ¿Qué significan y cómo son útiles?
¿Qué es el genoma del cáncer / secuenciación genómica?
Comencemos con algunos conceptos básicos sobre el cáncer. El cáncer es un crecimiento descontrolado de ciertas células en nuestro cuerpo que se han vuelto anormales debido a una acumulación de cambios genéticos en nuestro ADN celular, llamados mutaciones o aberraciones genómicas. El ADN está formado por 4 nucleótidos alfabéticos, cuya secuencia forma los genes que dan instrucciones para producir las proteínas que impulsan las funciones de nuestras células, tejidos y órganos. La secuenciación es la decodificación del contenido genómico de las células. El ADN de las células cancerosas y de las células normales no cancerosas se puede aislar y, gracias a las innovaciones y avances en las tecnologías de secuenciación de próxima generación, se puede descifrar a nivel de la secuencia de nucleótidos. La comparación de las secuencias de ADN del cáncer y de control brinda información sobre los cambios nuevos y adquiridos que, cuando se analizan más a fondo, brindan información sobre las anomalías subyacentes que están impulsando la enfermedad.
Diferentes tipos de secuenciación
La identificación de mutaciones y anomalías genómicas se puede realizar a través de diversas técnicas y pruebas que incluyen el cariotipo citogenético, la amplificación de regiones específicas de ADN a través de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la identificación de anomalías y fusiones específicas mediante hibridación fluorescente in situ (FISH), la secuenciación genómica de un panel específico de genes específicos del cáncer, o la secuenciación del conjunto completo de genes llamado secuenciación del exoma completo (WES) o el ADN completo de la célula se puede secuenciar como parte de la secuenciación del genoma completo (WGS). Para la implementación clínica de células cancerosas perfilado, la opción preferida es la secuenciación del panel de genes dirigidos de genes específicos del cáncer en el rango de 30 a 600 genes, mientras que WES y WGS se usan más en el dominio de investigación. Las ventajas de la secuenciación dirigida son costos más bajos, mayor profundidad de secuenciación y análisis más profundo de regiones específicas de ADN que pueden ser factores clave para el cáncer.
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¿Es útil la secuenciación genómica del cáncer? ¿Cuáles son sus beneficios?
Para un paciente con cáncer, es necesario elegir el panel de prueba adecuado para su tipo de cáncer específico. Los diferentes tipos de cáncer están asociados con diferentes conjuntos de mutaciones genéticas y los paneles dirigidos de varias empresas cubren diferentes conjuntos de genes. Una mayor profundidad de cobertura de las regiones genómicas que se están secuenciando tiene ventajas sobre una amplitud de cobertura que se puede obtener con WES, pero puede pasar por alto algunos hallazgos clave. Todavía hay una falta de estandarización en las pruebas de secuenciación y variabilidad en los resultados cuando se secuencia el ADN de la misma muestra en diferentes pruebas, en muchos casos. También existe una variabilidad en la secuencia en función de qué parte de la muestra de tumor se secuencia y se observan diferencias entre la secuenciación del ADN de una muestra de tejido tumoral sólido y el ADN del tumor circulante del mismo paciente. Sin embargo, a pesar de los diversos desafíos, la información obtenida de la secuenciación genómica del cáncer puede ser muy útil de múltiples formas según lo revisado por científicos del Instituto Wellcome Sanger en el Reino Unido (Nanglia y Campbell, New Engl J Med., 2019).
A continuación se enumeran algunas de las formas en que la secuenciación del genoma / genómico del cáncer puede ser útil para diagnosticar, decidir el tratamiento y controlar el cáncer:
- Predicción del riesgo de cáncer en una persona sana que puede tener antecedentes familiares de cáncer. La secuenciación del ADN de la muestra de sangre de un individuo sano puede proporcionar información sobre mutaciones de la línea germinal existentes que pueden estar presentes y pueden aumentar el riesgo de cáncer en el futuro. P.ej. presencia de mutaciones de genes de disposición al cáncer en BRCA, APC o VHL.
- Farmacogenómica: la genómica de la línea germinal puede identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en las enzimas metabolizadoras de fármacos que podrían usarse para identificar a los pacientes en riesgo de sufrir efectos tóxicos de la quimioterapia.
- Epidemiología y salud pública: la secuenciación genómica de tumores de regiones donde existe una alta incidencia de un tipo de cáncer en particular puede ayudar a identificar las exposiciones ambientales, dietéticas u otras que podrían ser la base de la alta incidencia de cáncer.
- La secuenciación de las lesiones tempranas puede ayudar a determinar el pronóstico de la enfermedad y la necesidad de intervención. Las genómicas con mayor número de mutaciones / aberraciones y el tipo de mutaciones pueden identificarse como aquellas que necesitan una intervención temprana y más agresiva.
- El diagnóstico de cáncer mediante la identificación de mutaciones impulsoras como BCR_ABL, KRAS, TP53 y otras puede confirmar el cáncer subyacente.
- Identificación del tejido de origen para células cancerosas de un primario desconocido. Las mutaciones específicas están asociadas con tipos de cáncer específicos.
- La clasificación de los tumores se puede realizar sobre la base de la composición de las mutaciones impulsoras y está relacionada con la biología de una enfermedad que se puede tratar con terapias dirigidas específicas.
- Predecir los resultados de los pacientes y proporcionar un mejor pronóstico basado en datos clínicos y genómicos. P.ej. Los tumores con mutaciones en TP53 tienen peor pronóstico.
- La secuenciación del genoma ayuda con el tratamiento del cáncer de precisión: los pacientes con cáncer tienen muchas mutaciones y el complemento de mutaciones es único para cada paciente con cáncer. Por lo tanto, una identificación de tratamiento de combinación más personalizada y personalizada que pueda abordar el impacto de todas las anomalías sería el santo grial para el tratamiento del cáncer.
- Identificar los mecanismos de resistencia mediante la secuenciación del cáncer que no ha respondido a los tratamientos prescritos.
- La monitorización del cáncer a través de una biopsia líquida de ADN tumoral circulante o de células tumorales circulantes puede ayudar a identificar la recurrencia de la enfermedad o la recaída sin una biopsia o cirugía invasiva.
Por lo tanto, como se enumera, hay múltiples formas en las que células cancerosas la secuenciación genómica/genómica puede ser útil, incluida la predicción del riesgo de cáncer, el pronóstico y el diagnóstico del cáncer, y la identificación de tratamientos oncológicos personalizados y precisos, aunque no es la corriente principal en la mayoría de las prácticas oncológicas.
¿Dónde se puede realizar la prueba de secuenciación genética para el cáncer?
Hay una serie de empresas que ofrecen pruebas de secuenciación genómica / genética basadas en muestras de saliva o sangre con diferentes capacidades que, como se mencionó anteriormente, deberán identificarse en función del contexto específico, el tipo de cáncer y el propósito. Hay algunas pruebas genéticas para el cáncer que ofrecen estas empresas que ahora están siendo reembolsadas por planes gubernamentales como Medicare o el NHS, pero en muchos países como India y China, estas pruebas las pagan los pacientes. Consulte con sus proveedores de atención médica y de seguros para obtener información sobre las pruebas genéticas para el cáncer que están cubiertas en su plan. También puede consultar esta página para lista de pruebas genéticas aceptables para el riesgo de cáncer.
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