Basisprincipes van genomische sequentiebepaling van kanker en meerdere manieren waarop het nuttig kan zijn

Hoogtepunten

Er zijn meerdere manieren waarop genoom/genomische sequencing van kankermonsters van patiënten kan nuttig zijn, inclusief het voorspellen van kankerrisico's, kankerprognose en -diagnose, en het identificeren van persoonlijke gegevens en precisie kanker behandeling. Er zijn veel bedrijven die gevarieerde genetische sequentietests voor kanker aanbieden en de juiste test zal moeten worden geïdentificeerd op basis van de specifieke context en het type kanker. Sommige genetische tests die door deze bedrijven worden aangeboden, worden gedekt door een verzekering, maar de meeste zijn gebaseerd op zelfbetaling.

Het scannen door beoordelingen, artikelen, blogs, aanbevelingen enz. Post een kankerdiagnose kan overweldigend zijn. Er is veel informatie, nieuwe terminologie en aanbevolen tests waar de meesten van ons geen idee van hebben. Tumorsequencing, kanker/tumorprofilering, next-generation sequencing, gerichte panels, whole-exome sequencing, moleculaire kenmerken van de kanker, zijn allemaal jargon dat we tegenkomen. Wat betekenen deze en hoe zijn deze nuttig?

Wat is kankergenoom/genomische sequencing?

Laten we beginnen met wat basisprincipes van kanker. Kanker is een ongecontroleerde groei van bepaalde cellen in ons lichaam die abnormaal zijn geworden door een opeenhoping van genetische veranderingen in ons cellulaire DNA, mutaties of genoomafwijkingen genoemd. DNA bestaat uit 4 alfabetische nucleotiden, waarvan de volgorde de genen vormt die instructies geven om de eiwitten te maken die de functies van onze cellen, weefsels en organen aansturen. Sequencing is het decoderen van de genomische inhoud van de cellen. DNA van de kankercellen en normale niet-kankercellen kan worden geïsoleerd en dankzij de innovaties en vooruitgang in de volgende generatie sequencing-technologieën, worden ontcijferd op het niveau van de nucleotidesequentie. Vergelijking van de kanker- en controle-DNA-sequenties geeft informatie over de nieuwe en verworven veranderingen die, wanneer ze verder worden geanalyseerd, inzicht geven in de onderliggende afwijkingen die de ziekte veroorzaken.

Verschillende soorten sequenties

Identificatie van genomische mutaties en afwijkingen kan worden gedaan door middel van verschillende technieken en tests, waaronder cytogenetische karyotypering, amplificatie van specifieke DNA-regio's door middel van polymerasekettingreactie (PCR), identificatie van specifieke afwijkingen en fusies met behulp van fluorescentie in situ hybridisatie (FISH), genomische sequencing van een gericht panel van kankerspecifieke genen, of de sequentiebepaling van de complete set genen die hele-exome-sequencing (WES) wordt genoemd, of het volledige DNA van de cel kan worden gesequenced als onderdeel van whole-genome sequencing (WGS). Voor klinische implementatie van kanker profilering, de voorkeursoptie is gerichte genpanel-sequencing van kankerspecifieke genen in het bereik van 30 - 600 genen, terwijl WES en WGS meer in het onderzoeksdomein worden gebruikt. Voordelen van gerichte sequencing zijn lagere kosten, grotere diepte van sequencing en diepere analyse van specifieke DNA-regio's die de belangrijkste oorzaken van kanker kunnen zijn.

Is kanker genomische sequencing nuttig - wat zijn de voordelen?

Voor een kankerpatiënt moet men het juiste testpanel kiezen voor hun specifieke kankertype. Verschillende vormen van kanker zijn geassocieerd met verschillende sets van genmutaties en gerichte panels van verschillende bedrijven bestrijken verschillende sets genen. Een hogere dekkingsdiepte van de genomische regio's waarvan de sequentie wordt bepaald, heeft voordelen boven een brede dekking die men kan krijgen met WES, maar het kan enkele belangrijke bevindingen missen. Er is nog steeds een gebrek aan standaardisatie tussen sequencing-tests en variabiliteit in resultaten bij het sequencen van DNA van hetzelfde monster over verschillende tests, in veel gevallen. Er is ook variabiliteit in sequentie op basis van welk deel van het tumormonster wordt gesequenced en er zijn verschillen waargenomen tussen sequentiebepaling van DNA van een vast tumorweefselmonster en circulerend tumor-DNA van dezelfde patiënt. Ondanks de verschillende uitdagingen kan de informatie die wordt verkregen uit genomische sequencing van de kanker echter op meerdere manieren zeer nuttig zijn, zoals beoordeeld door wetenschappers van het Wellcome Sanger Institute in het Verenigd Koninkrijk (Nanglia en Campbell, New Engl J Med., 2019).

Enkele van de manieren waarop kankergenoom/genomische sequencing kan helpen bij het diagnosticeren, beslissen over de behandeling en het monitoren van kanker, worden hieronder opgesomd:

• Kankerrisicovoorspelling bij een gezond persoon met een familiegeschiedenis van kanker. Sequentiebepaling van DNA uit het bloedmonster van een gezond persoon kan informatie verschaffen over bestaande kiembaanmutaties die aanwezig kunnen zijn en kan het toekomstige kankerrisico verhogen. bijv. aanwezigheid van genmutaties met kankerdispositie in BRCA, APC of VHL.
• Farmacogenomica - kiembaangenomica kan single nucleotide polymorphisms (SNP's) identificeren in geneesmiddelmetaboliserende enzymen die kunnen worden gebruikt om patiënten te identificeren die risico lopen op toxische effecten van chemotherapie.
• Epidemiologie en volksgezondheid – genomische sequencing van tumoren uit regio's met een hoge incidentie van een bepaald kankertype kan helpen bij het identificeren van de omgevings-, voedings- of andere blootstellingen die ten grondslag kunnen liggen aan de hoge incidentie van kanker.
• Sequentiebepaling van vroege laesies kan helpen bij het bepalen van de prognose van de ziekte en de noodzaak van interventie. Genomica met meer aantallen mutaties/aberraties en het type mutaties, kan worden geïdentificeerd als die welke vroege en agressievere interventie nodig hebben.
• Kankerdiagnose door identificatie van drivermutaties zoals BCR_ABL, KRAS, TP53 en andere kan de onderliggende kanker bevestigen.
• Identificatie van weefsel van oorsprong gratis te downloaden kanker van een onbekende primaire. Specifieke mutaties zijn geassocieerd met specifieke soorten kanker.
• Tumorclassificatie kan worden gedaan op basis van de samenstelling van drivermutaties en is gekoppeld aan een ziektebiologie die kan worden behandeld met specifieke gerichte therapieën.
• Het voorspellen van patiëntresultaten en een betere prognose bieden op basis van klinische en genomische gegevens. bijv. Tumoren met TP53-mutaties hebben een slechtere prognose.
• Genoomsequencing helpt bij nauwkeurige kankerbehandeling - Kankerpatiënten hebben veel mutaties en het complement van mutaties is uniek voor elke kankerpatiënt. Daarom zou een meer gepersonaliseerde en aangepaste identificatie van combinatiebehandelingen die de impact van alle afwijkingen kan aanpakken, de heilige graal zijn voor de behandeling van kanker.
• Het identificeren van resistentiemechanismen door sequentiebepaling van de kanker die niet heeft gereageerd op voorgeschreven behandelingen.
• Kankermonitoring door vloeibare biopsie van circulerend tumor-DNA of circulerende tumorcellen kan helpen bij het identificeren van herhaling van ziekte of terugval zonder een invasieve biopsie of operatie.

Daarom zijn er, zoals vermeld, meerdere manieren waarop kanker genomische / genoomsequencing kan nuttig zijn, waaronder voorspelling van het risico op kanker, kankerprognose en -diagnose, en het identificeren van gepersonaliseerde en nauwkeurige kankerbehandeling, hoewel het in de meeste oncologische praktijken niet gangbaar is.

Waar kunt u de genetische sequentietest voor kanker laten doen?

Er zijn een aantal bedrijven die genomische/genetische sequentietests aanbieden op basis van speeksel- of bloedmonsters met verschillende mogelijkheden die, zoals hierboven vermeld, moeten worden geïdentificeerd op basis van specifieke context, kankertype en doel. Er zijn een paar genetische tests voor kanker die door deze bedrijven worden aangeboden die nu worden vergoed door overheidsplannen zoals Medicare of de NHS, maar in veel landen zoals India en China worden deze tests betaald door de patiënten. Raadpleeg uw zorgverzekeraar en zorgverzekeraar voor informatie over de genetische tests voor kanker die onder uw plan vallen. U kunt deze pagina ook bekijken voor een lijst van aanvaardbare genetische tests voor kankerrisico.

Welk voedsel je eet en welke supplementen je neemt, is een beslissing die je neemt. Uw beslissing moet rekening houden met de kankergenmutaties, kanker, lopende behandelingen en supplementen, eventuele allergieën, informatie over levensstijl, gewicht, lengte en gewoonten.

De voedingsplanning voor kanker van add-on is niet gebaseerd op zoekopdrachten op internet. Het automatiseert de besluitvorming voor u op basis van moleculaire wetenschap die is geïmplementeerd door onze wetenschappers en software-ingenieurs. Ongeacht of u de onderliggende biochemische moleculaire routes wilt begrijpen of niet - voor voedingsplanning voor kanker is dat begrip nodig.

Ga NU aan de slag met uw voedingsplanning door vragen te beantwoorden over de naam van kanker, genetische mutaties, lopende behandelingen en supplementen, eventuele allergieën, gewoonten, levensstijl, leeftijdsgroep en geslacht.

Kankerpatiënten hebben vaak te maken met verschillende bijwerkingen van chemotherapie die hun kwaliteit van leven beïnvloeden en uitkijken naar alternatieve therapieën voor kanker juiste voeding en supplementen op basis van wetenschappelijke overwegingen (het vermijden van giswerk en willekeurige selectie) is de beste natuurlijke remedie voor kanker en behandelingsgerelateerd bijwerkingen.

• Top 3 redenen om genomische sequencing van kanker te doen
• Tumorsequencing en gepersonaliseerde kankerbehandeling
• Waarom worden gerichte kankertherapieën na verloop van tijd resistent?
• Is gerichte therapie beter dan chemotherapie voor recidiverende FLT3-gemuteerde acute myeloïde leukemie?
• Beoordeling van circulerend tumor-DNA (ctDNA) kan een onafhankelijke prognostische marker zijn voor gevorderde kanker