En Avant
Il existe de multiples façons séquençage du génome/génomique des échantillons de cancer des patients peuvent être utiles, y compris la prédiction du risque de cancer, le pronostic et le diagnostic du cancer, et l'identification de données personnalisées et précises cancer traitement. De nombreuses entreprises proposent des tests de séquençage génétique variés pour le cancer et le bon test devra être identifié en fonction du contexte spécifique et du type de cancer. Certains tests génétiques proposés par ces sociétés sont couverts par une assurance, mais la plupart sont basés sur l'auto-paiement.
Parcourir des critiques, des articles, des blogs, des recommandations, etc. après un diagnostic de cancer peut être accablant. Il existe de nombreuses informations, une nouvelle terminologie et des tests recommandés dont la plupart d'entre nous n'ont aucune idée. Le séquençage tumoral, le profilage cancer/tumeur, le séquençage de nouvelle génération, les panels ciblés, le séquençage de l'exome entier, les caractéristiques moléculaires du cancer, sont tous le jargon que nous rencontrons. Qu'est-ce que cela signifie et en quoi sont-ils utiles ?
Qu'est-ce que le séquençage du génome du cancer/génomique ?
Commençons par quelques notions de base sur le cancer. Le cancer est une croissance incontrôlée de certaines cellules de notre corps qui sont devenues anormales en raison d'une accumulation de modifications génétiques dans notre ADN cellulaire, appelées mutations ou aberrations génomiques. L'ADN est composé de 4 nucléotides de l'alphabet, dont la séquence constitue les gènes qui donnent des instructions pour fabriquer les protéines qui pilotent les fonctions de nos cellules, tissus et organes. Le séquençage est le décodage du contenu génomique des cellules. L'ADN des cellules cancéreuses et des cellules normales non cancéreuses peut être isolé et, grâce aux innovations et aux progrès des technologies de séquençage de nouvelle génération, peut être déchiffré au niveau de la séquence nucléotidique. La comparaison des séquences d'ADN du cancer et du contrôle donne des informations sur les changements nouveaux et acquis qui, lorsqu'elles sont analysées plus en détail, donnent un aperçu des anomalies sous-jacentes qui sont à l'origine de la maladie.
Différents types de séquençage
L'identification des mutations et des anomalies génomiques peut se faire par diverses techniques et tests, notamment le caryotypage cytogénétique, l'amplification de régions spécifiques de l'ADN par réaction en chaîne par polymérase (PCR), l'identification d'anomalies et de fusions spécifiques par hybridation in situ par fluorescence (FISH), le séquençage génomique de un panel ciblé de gènes spécifiques au cancer, ou le séquençage de l'ensemble complet de gènes appelé séquençage de l'exome entier (WES) ou l'ADN entier de la cellule peut être séquencé dans le cadre du séquençage du génome entier (WGS). Pour la mise en œuvre clinique de cancer profilage, l'option préférée est le séquençage ciblé du panel de gènes de gènes spécifiques du cancer dans la gamme de 30 à 600 gènes, tandis que WES et WGS sont davantage utilisés dans le domaine de la recherche. Les avantages du séquençage ciblé sont des coûts moindres, une plus grande profondeur de séquençage et une analyse plus approfondie de régions spécifiques de l'ADN qui peuvent être des facteurs clés du cancer.
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Le séquençage génomique du cancer est-il utile ? Quels sont ses avantages ?
Pour un patient atteint de cancer, il faut choisir le bon panel de tests pour son type de cancer spécifique. Différents cancers sont associés à différents ensembles de mutations génétiques et des panels ciblés de diverses sociétés couvrent différents ensembles de gènes. Une couverture plus approfondie des régions génomiques séquencées présente des avantages par rapport à une couverture plus étendue que l'on peut obtenir avec WES, mais elle peut manquer certaines découvertes clés. Il y a toujours un manque de standardisation entre les tests de séquençage et la variabilité des résultats lors du séquençage de l'ADN du même échantillon à travers différents tests, dans de nombreux cas. Il existe également une variabilité dans la séquence en fonction de la partie de l'échantillon tumoral qui est séquencée et des différences observées entre le séquençage de l'ADN à partir d'un échantillon de tissu tumoral solide et l'ADN tumoral circulant du même patient. Cependant, malgré les divers défis, les informations obtenues à partir du séquençage génomique du cancer peuvent être très utiles de multiples façons, comme l'ont examiné les scientifiques du Wellcome Sanger Institute au Royaume-Uni (Nanglia et Campbell, New Engl J Med., 2019).
Certaines des façons dont le génome du cancer/le séquençage génomique peuvent être utiles pour diagnostiquer, décider du traitement et surveiller le cancer sont énumérées ci-dessous :
- Prédiction du risque de cancer chez une personne en bonne santé qui peut avoir des antécédents familiaux de cancer. Le séquençage de l'ADN de l'échantillon de sang d'un individu sain peut fournir des informations sur les mutations germinales existantes qui peuvent être présentes et peuvent augmenter le risque futur de cancer. Par exemple. présence de mutations du gène de disposition au cancer dans BRCA, APC ou VHL.
- Pharmacogénomique - la génomique germinale peut identifier des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) dans les enzymes métabolisant les médicaments qui pourraient être utilisés pour identifier les patients à risque d'effets toxiques de la chimiothérapie.
- Épidémiologie et santé publique – le séquençage génomique de tumeurs provenant de régions où l'incidence d'un type de cancer particulier est élevée peut aider à identifier les expositions environnementales, alimentaires ou autres qui pourraient sous-tendre l'incidence élevée de cancer.
- Le séquençage des lésions précoces peut aider à déterminer le pronostic de la maladie et la nécessité d'une intervention. La génomique avec un plus grand nombre de mutations/aberrations et le type de mutations peut être identifiée comme nécessitant une intervention précoce et plus agressive.
- Le diagnostic du cancer par identification des mutations motrices telles que BCR_ABL, KRAS, TP53 et autres peut confirmer le cancer sous-jacent.
- Identification du tissu d'origine pour cancer d'un primaire inconnu. Des mutations spécifiques sont associées à des types de cancer spécifiques.
- La classification des tumeurs peut se faire sur la base de la composition des mutations motrices et est liée à une biologie de la maladie qui peut être traitée avec des thérapies ciblées spécifiques.
- Prédire les résultats des patients et fournir un meilleur pronostic basé sur des données cliniques et génomiques. Par exemple. Les tumeurs avec des mutations TP53 ont un plus mauvais pronostic.
- Le séquençage du génome aide au traitement précis du cancer - Les patients cancéreux présentent de nombreuses mutations et le complément de mutations est unique pour chaque patient atteint de cancer. Par conséquent, une identification de traitement combiné plus personnalisée et personnalisée qui peut traiter l'impact de toutes les anomalies serait le Saint Graal pour le traitement du cancer.
- Identifier les mécanismes de résistance par séquençage du cancer n'ayant pas répondu aux traitements prescrits.
- La surveillance du cancer par biopsie liquide de l'ADN tumoral circulant ou des cellules tumorales circulantes peut aider à identifier la récurrence de la maladie ou la rechute sans biopsie invasive ou chirurgie.
Par conséquent, comme indiqué, il existe plusieurs façons dont cancer le séquençage génomique/génomique peut être utile, y compris la prédiction du risque de cancer, le pronostic et le diagnostic du cancer, et l'identification d'un traitement personnalisé et précis du cancer, bien qu'il ne soit pas courant dans la plupart des pratiques en oncologie.
Où pouvez-vous faire le test de séquençage génétique pour le cancer ?
Il existe un certain nombre de sociétés proposant des tests de séquençage génomique/génétique basés sur des échantillons de salive ou de sang avec différentes capacités qui, comme mentionné ci-dessus, devront être identifiées en fonction du contexte spécifique, du type de cancer et de la finalité. Il existe quelques tests génétiques pour le cancer proposés par ces sociétés qui sont désormais remboursés par des régimes gouvernementaux tels que Medicare ou le NHS, mais dans de nombreux pays comme l'Inde et la Chine, ces tests sont payés par les patients. Veuillez consulter vos fournisseurs de soins de santé et d'assurance pour obtenir des informations sur les tests génétiques pour le cancer qui sont couverts par votre régime. Vous pouvez également consulter cette page pour un liste de tests génétiques acceptables pour le risque de cancer.
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