Osnove genomskog sekvenciranja raka i više načina na koje to može biti korisno

pramenovi

Postoji više načina na koje genom/genomsko sekvenciranje uzoraka karcinoma pacijenata može biti od pomoći, uključujući predviđanje rizika od raka, prognozu i dijagnozu raka, i identifikaciju personaliziranih i preciznih Rak tretman. Postoje mnoge kompanije koje nude različite testove genetskog sekvenciranja za rak i pravi test će morati da se identifikuje na osnovu specifičnog konteksta i tipa raka. Neki genetski testovi koje nude ove kompanije pokriveni su osiguranjem, ali većina se zasniva na samoplaćanju.

Skeniranje recenzija, članaka, blogova, preporuka itd. Nakon postavljanja dijagnoze raka može biti neodoljivo. Mnogo je informacija, nove terminologije i preporučenih testova o kojima većina nas ne zna. Sekvenciranje tumora, profiliranje raka / tumora, sekvenciranje nove generacije, ciljani paneli, sekvenciranje cijelog egzoma, molekularne karakteristike karcinoma, sve su to žargoni s kojima se susrećemo. Šta ovo znače i kako su korisne?

Šta je genom raka/genomsko sekvenciranje?

Krenimo od nekih osnova raka. Rak je nekontrolirani rast određenih ćelija u našem tijelu koje su postale nenormalne uslijed nakupljanja genetskih promjena u našoj ćelijskoj DNK, koje se nazivaju mutacije ili genomske aberacije. DNK se sastoji od nukleotida od 4 abecede, čiji slijed čine gene koji daju upute za stvaranje proteina koji pokreću funkcije naših ćelija, tkiva i organa. Sekvenciranje je dekodiranje genomskog sadržaja stanica. DNK iz ćelija karcinoma i normalnih ćelija bez karcinoma može se izolovati i zahvaljujući inovacijama i napretku u tehnologijama sekvenciranja sledeće generacije može se dešifrovati na nivou nukleotidne sekvence. Usporedba sekvenci raka i kontrolne DNK daje informacije o novim i stečenim promjenama koje nakon daljnje analize daju uvid u osnovne abnormalnosti koje pokreću bolest.

Različite vrste sekvenciranja

Identifikacija genomskih mutacija i abnormalnosti može se obaviti različitim tehnikama i testovima uključujući citogenetsku kariotipizaciju, amplifikaciju specifičnih regija DNK putem lančane reakcije polimeraze (PCR), identifikaciju specifičnih abnormalnosti i fuzije korištenjem fluorescentne in situ hibridizacije (FISH), genomsko sekvenciranje ciljani panel gena specifičnih za rak, ili sekvenciranje kompletnog skupa gena koji se naziva sekvenciranje cijelog egzoma (WES) ili cjelokupna DNK stanice može se sekvencirati kao dio sekvenciranja cijelog genoma (WGS). Za kliničku implementaciju Rak profilisanje, poželjna opcija je ciljano sekvenciranje genskih panela specifičnih gena za rak u rasponu od 30 – 600 gena, dok se WES i WGS više koriste u domenu istraživanja. Prednosti ciljanog sekvenciranja su niži troškovi, veća dubina sekvenciranja i dublja analiza specifičnih regiona DNK koji mogu biti ključni pokretači raka.

Je li genomsko sekvenciranje raka korisno - koje su njegove prednosti?

Za pacijenta oboljelog od raka, potrebno je izabrati pravi panel za određenu vrstu raka. Različiti karcinomi povezani su s različitim skupovima genskih mutacija, a ciljane ploče različitih kompanija pokrivaju različite skupove gena. Veća dubina pokrivenosti genomskih regija koje se sekvenciraju ima prednosti u odnosu na širinu pokrivenosti koju možete dobiti sa WES -om, ali mogu promašiti neki ključni nalazi. Još uvijek postoji nedostatak standardizacije u testovima sekvenciranja i varijabilnosti rezultata pri sekvenciranju DNK iz istog uzorka u različitim testovima, u mnogim slučajevima. Postoji i varijabilnost u sekvenci na osnovu toga koji je dio uzorka tumora sekvenciran i vide se razlike između sekvenciranja DNK iz uzorka čvrstog tumorskog tkiva i cirkulirajuće tumorske DNK od istog pacijenta. Međutim, unatoč različitim izazovima, informacije dobivene genomskim sekvenciranjem raka mogu biti vrlo korisne na više načina kako su pregledali naučnici s Instituta Wellcome Sanger u Ujedinjenom Kraljevstvu (Nanglia i Campbell, New Engl J Med., 2019).

Neki od načina na koje genom raka/genomsko sekvenciranje mogu biti od pomoći u dijagnosticiranju, odlučivanju o liječenju i praćenju raka navedeni su u nastavku:

• Predviđanje rizika od raka kod zdrave osobe koja može imati porodičnu istoriju raka. Sekvenciranje DNK iz uzorka krvi zdrave osobe može pružiti informacije o postojećim mutacijama zametnih linija koje mogu biti prisutne i mogu povećati budući rizik od raka. Npr. prisustvo mutacija gena za uklanjanje karcinoma u BRCA, APC ili VHL.
• Farmakogenomika - genomska genom može identificirati polimorfizme jednostrukih nukleotida (SNP) u enzimima koji metaboliziraju lijekove i koji se mogu koristiti za identifikaciju pacijenata kojima prijeti toksični efekat hemoterapije.
• Epidemiologija i javno zdravlje - genomsko sekvenciranje tumora iz regija u kojima postoji velika incidencija određene vrste karcinoma može pomoći u identificiranju izloženosti okoline, prehrane ili druge izloženosti koje bi mogle biti osnova velike incidencije karcinoma.
• Redoslijed ranih lezija može pomoći u određivanju prognoze bolesti i potrebe za intervencijom. Genomike s većim brojem mutacija / aberacija i vrsta mutacija mogu se identificirati kao one kojima je potrebna rana i agresivnija intervencija.
• Dijagnoza raka identifikacijom mutacija vozača kao što su BCR_ABL, KRAS, TP53 i druge može potvrditi osnovni rak.
• Identifikacija tkiva porijekla za Rak nepoznatog primarnog. Specifične mutacije su povezane sa specifičnim tipovima raka.
• Klasifikacija tumora može se izvršiti na osnovu sastava mutacija pokretača i povezana je s biologijom bolesti koja se može liječiti specifičnim ciljanim terapijama.
• Predviđanje ishoda pacijenta i pružanje bolje prognoze na osnovu kliničkih i genomskih podataka. Npr. Tumori sa mutacijama TP53 imaju lošiju prognozu.
• Sekvenciranje genoma pomaže u preciznom liječenju karcinoma- oboljeli od raka imaju mnogo mutacija, a komplement mutacija je jedinstven za svakog pacijenta s rakom. Stoga bi personaliziranija i prilagođenija identifikacija kombiniranog liječenja koja može riješiti utjecaj svih abnormalnosti bio sveti gral za liječenje raka.
• Identificiranje mehanizama rezistencije sekvenciranjem karcinoma koji nije reagirao na propisane tretmane.
• Nadgledanje karcinoma tečnom biopsijom DNK u cirkulaciji tumora ili tumorskih stanica u cirkulaciji može pomoći u identificiranju recidiva bolesti ili recidiva bez invazivne biopsije ili operacije.

Stoga, kao što je navedeno, postoji više načina na koje Rak Sekvenciranje genoma/genoma može biti od pomoći, uključujući predviđanje rizika od raka, prognozu i dijagnozu raka, te identifikaciju personaliziranog i preciznog liječenja raka, iako to nije mainstream u većini onkološke prakse.

Gdje možete napraviti genetski test sekvenciranja za rak?

Postoji veliki broj kompanija koje nude genomsko/genetsko ispitivanje sekvenciranja zasnovano na uzorcima sline ili krvi s različitim mogućnostima, koje će, kako je gore spomenuto, biti potrebno identificirati na osnovu specifičnog konteksta, vrste raka i svrhe. Ove kompanije nude nekoliko genetskih testova na rak koji se sada nadoknađuju vladinim planovima, poput Medicare -a ili NHS -a, ali u mnogim zemljama, poput Indije i Kine, te testove plaćaju pacijenti. Posavjetujte se sa svojim zdravstvenim ustanovama i pružateljima osiguranja kako biste dobili informacije o genetskim testovima za rak koji su obuhvaćeni vašim planom. Na ovoj stranici možete pogledati i lista prihvatljivih genetskih testova za rizik od raka.

Odluku ćete donijeti koju hranu jedete i koje suplemente uzimate. Vaša odluka trebala bi uključivati ​​razmatranje mutacija gena raka, koji karcinom, tekući tretmani i suplementi, sve alergije, informacije o načinu života, težini, visini i navikama.

Planiranje prehrane za rak od addona ne temelji se na internetskim pretragama. Automatizira donošenje odluka na osnovu molekularne nauke koju provode naši naučnici i softverski inženjeri. Bez obzira na to želite li razumjeti temeljne biokemijske molekularne putove ili ne - za planiranje prehrane za rak potrebno je razumijevanje.

Započnite ODMAH s planiranjem prehrane odgovarajući na pitanja o nazivu raka, genetskim mutacijama, tekućim tretmanima i suplementima, svim alergijama, navikama, načinu života, dobnoj skupini i spolu.

Pacijenti sa rakom često se moraju nositi s različitim nuspojave hemoterapije koji utječu na njihov kvalitet života i paze na alternativne terapije za rak pravilna ishrana i dodaci zasnovani na naučnim razmatranjima (izbjegavanje nagađanja i slučajnog odabira) najbolji je prirodni lijek za rak i liječenje nuspojave.

• 3 glavna razloga za genomsko sekvenciranje raka
• Sekvenciranje tumora i personalizirano liječenje raka
• Zašto ciljane terapije raka vremenom postaju otporne?
• Da li je ciljana terapija bolja od hemoterapije za relapsnu akutnu mijeloičnu leukemiju mutiranu FLT3?
• Procjena DNA kružnog tumora (ctDNA) može biti neovisni prognostički marker za napredni rak